Σε κομμάτια αλουμινόχαρτου απλώνουμε τα παντζάρια ένα-ένα, ρίχνουμε λίγο αλάτι και τα τυλίγουμε. Τα τοποθετούμε σε ένα ταψί και ψήνουμε στους 180°C για περίπου μια ώρα.

Όταν πέσει η θερμοκρασία τους τα ξεφλουδίζουμε και τα περνάμε στο χοντρό τρίφτη.

Σε ένα τετράγωνο ταψί απλώνουμε ένα φύλλο σφολιάτας και πατάμε καλά στις άκρες να πάρει το σχήμα του ταψιού.

Αφαιρούμε τις άκρες που περισσεύσουν και με ένα πιρούνι τρυπάμε το φύλλο. Ψήνουμε σε προθερμασμένο φούρνο στους 180°C για 20 λεπτά.
Σε ένα τηγάνι τσιγαρίζουμε λίγο το μπέικον και ρίχνουμε το παντζάρι.
Ρίχνουμε το μοσχοκάρυδο, το θυμάρι, το βαλσάμικο και αλάτι.

Παίρνουμε τη βάση μόλις κρυώσει, την αφαιρούμε από το ταψί προσεκτικά, γυρνάμε το ταψί ανάποδα και τοποθετούμε τη βάση της τάρτας από πάνω.
Ρίχνουμε το γέμισμα και απλώνουμε ομοιόμορφα.

Σπάμε τα καρύδια με το χέρι και απλώνουμε πάνω στην τάρτα.
Σε ένα μπολ τρίβουμε τα τυριά, ρίχνουμε το γιαούρτι, τον κρόκο, πιπέρι και ανακατεύουμε.

Μοιράζουμε το τυρί σε όλη την επιφάνεια της τάρτας και απλώνουμε (προαιρετικά) κομμάτια παντζαριού κυδωνάτα, λίγο ελαιόλαδο και αλάτι.
Ψήνουμε ξανά σε προθερμασμένο φούρνο στους 180°C για 20 λεπτά.
Αφήνουμε λίγο να κρυώσει, κόβουμε και σερβίρουμε.