Για το σιρόπι:
Βάζουμε όλα τα υλικά για το σιρόπι, σε μία κατσαρόλα και ανακατεύουμε και το αφήνουμε να πάρει βράση. Το αφήνουμε να σιγοβράζει για περίπου 5 λεπτά σε μέτρια φωτιά.
Αφαιρούμε τις λεμονόκουπες και αφήνουμε να κρυώσει.

Για την κρέμα:
Κρατάμε 1 φλ. από το συνολικό γάλα και τη μισή ζάχαρη. Βάζουμε το υπόλοιπο γάλα, την υπόλοιπη ζάχαρη, την κανέλα και το ξύσμα λεμονιού σε μία κατσαρόλα να ζεσταθεί και να βγουν τα αρώματα του λεμονιού και της κανέλας.
Σε ένα βαθύ μπολ, ρίχνουμε τα 5 αβγά και δύο κρόκους και τα χτυπάμε με μίξερ χειρός, να αφρατέψουν για λίγα λεπτά και να φύγει η μυρωδιά του αβγού. Προσθέτουμε την υπόλοιπη ζάχαρη και συνεχίζουμε το χτύπημα για λίγα λεπτά μέχρι να λιώσει καλά η ζάχαρη. Τέλος προσθέτουμε τις βανίλιες.
Προσθέτουμε στα αβγά το σιμιγδάλι καθώς και το 1 φλ. γάλα που κρατήσαμε.
Παίρνουμε από την κατσαρόλα λίγο ζεστό γάλα (2 φλ.) και το ρίχνουμε στο μπολ με το μείγμα αβγών ανακατεύοντας, να ζεσταθούν λίγο τα αβγά και να αραιώσουν. Αδειάζουμε το περιεχόμενο του μπολ όλο μαζί, μέσα στην κατσαρόλα µε το ζεστό γάλα και ανακατεύουμε με σύρμα ή ξύλινη κουτάλα λίγα λεπτά μέχρι να δέσει η κρέμα.
Αφού δέσει, την αποσύρουμε από τη φωτιά και προσθέτουμε το βούτυρο ανακατεύοντας να λιώσει. Σαν να κάνει βόλτα στην επιφάνεια της κρέμας. Αφήστε το να κάνει κρούστα. Αφαιρούμε την κανέλα.
Αφήνουμε λίγο την κρέμα να κρυώσει.
Στήνουμε το γαλακτομπούρεκο στο ταψί.
Ζεσταίνουμε τα 200 γρ. βούτυρο σε ένα κατσαρολάκι (ίσα να λιώσει, όχι να κάψει) και το αφήνουμε να κρυώσει λίγο και να φτάσει στο στάδιο που αρχίζει να πήζει.
Βουτυρώνουμε ένα ταψί στρογγυλό (36 εκ. ή 38 εκ.) ή ένα ταψί μακρόστενο (38×28 εκ.). Στρώνουμε ακτινωτά 7 φύλλα κρούστας, βουτυρώνοντάς τα ένα ένα και φροντίζοντας να περισσεύουν αρκετά έξω από το χείλος του ταψιού.
Ρίχνουμε την κρέμα επάνω στα στρωμένα φύλλα. Γυρίζουμε προς τα μέσα πάνω στην κρέμα, τα φύλλα που εξέχουν και στρώνουμε από πάνω τα υπόλοιπα 5 φύλλα βουτυρώνοντας τα ένα ένα.
Με μία μαλακή σπάτουλα, μπήγουμε τις άκρες των φύλλων που εξέχουν κάτω από το γαλακτομπούρεκο.
Βουτυρώνουμε ξανά επιφανειακά.
Χαράζουμε επιφανειακά το γλυκό σε κομμάτια. Περιχύνουμε με το υπόλοιπο λιωμένο βούτυρο, να ρουφήξει στις χαρακιές. Ραντίζουμε µε λίγο νερό τα φύλλα στην επιφάνεια για να μην ανασηκώνονται στο ψήσιμο.
Ψήνουμε στους 180°C στις αντιστάσεις στην τελευταία σχάρα, για περίπου 1 ώρα, μέχρι να ροδίσει καλά το φύλλο.
Εναλλακτικά ψήνουμε το γαλακτομπούρεκο στον αέρα, στους 160°C, στη μεσαία σχάρα για 50 λεπτά περίπου μέχρι να ροδίσει το γαλακτομπούρεκο.
Βγάζουμε το γαλακτομπούρεκο από το φούρνο και το περιχύνουμε λίγο λίγο με το κρύο σιρόπι.
Περιμένουμε το ζεστό γαλακτομπούρεκο να κρυώσει καλά και μετά το κόβουμε για σερβίρισμα. Αν το κόψουμε όσο ακόμα είναι ζεστό, θα βγάλει υγρά στο ταψί.
Εναλλακτικά, αφήνουμε να κρυώσει καλά το γαλακτομπούρεκο και μετά το σιροπιάζουμε, με ζεστό το σιρόπι.